Un nouveau coronavirus transmissible à l'espèce humaine découvert chez des chauve-souris au Kenya

La famille des coronavirus, largement inconnue du grand public avant la pandémie de Covid-19, comprend pourtant toute une variété de virus. Et leur mode d’entrée dans les cellules humaines est également méconnu de la communauté scientifique elle-même. Or, toute découverte dans ce domaine peut être une aide précieuse pour contrer de nouvelles pandémies potentielles.

Dans une nouvelle étude, parue dans la revue Nature (Source 1), des chercheurs rapportent avoir découvert un nouveau coronavirus, présent chez une espèce de chauve-souris d’Afrique de l’Est. Mais le plus intéressant dans cette découverte, c’est que ce coronavirus, baptisé CcCoV-KY43, serait capable d’infecter les cellules humaines, via un récepteur appelé CEACAM6, présent dans nos poumons et notre intestin. Ce mode d’entrée n’avait jamais été identifié jusqu’alors.

Ici, plutôt que de travailler sur des virus vivants, les scientifiques ont utilisé une base de données publique de séquences génétiques connues, Genbank, afin de sélectionner et synthétiser des protéines de ce coronavirus au nom complet Cardioderma cor (CcCoV) KY43. Ces protéines ont ensuite été comparées à une bibliothèque de récepteurs de coronavirus présents dans les cellules humaines.

L’étude, qui a réuni l’expertise scientifique britannique et kényane, a permis de montrer que le CcCoV-KY43 peut se lier à la glycoprotéine humaine CEACAM6.

« Non seulement nous avons découvert le nouveau récepteur du coronavirus dans les cellules humaines avant toute transmission du virus à la population, mais l’étude a été réalisée en utilisant seulement un fragment du virus (la protéine Spike) plutôt que l’agent pathogène entier, ce qui a permis d’éviter d’importer un virus vivant au Royaume-Uni », s’est réjoui le Dr Giulia Gallo, spécialiste des glycoprotéines virales et auteure principale de l’étude, dans un communiqué (Source 1).

Le CcCoV-KY43 se trouve chez les chauves-souris à nez en forme de cœur, ou Cardioderma cor, une espèce écologiquement importante que l’on trouve principalement en Afrique de l’Est, notamment dans l’est du Soudan et le nord de la Tanzanie.

Mais bien que ce coronavirus CcCoV-KY43 puisse se lier à un récepteur cellulaire présent dans le poumon humain, les tests préliminaires effectués au Kenya suggèrent qu’il ne s’est pour l’heure pas propagé à la population humaine locale. Aucun cas humain n’a été répertorié.

« Notre article met en évidence la nécessité de poursuivre les recherches en Afrique de l’Est afin de mieux comprendre le risque posé par l’ensemble des virus capables d’utiliser ce récepteur humain. Cela permettra à l’humanité de se préparer à d’éventuelles transmissions futures et de commencer à développer des vaccins et des antiviraux », a conclu le Dr James Nyagwange, qui a participé à l’étude.

L’équipe de recherche entend désormais utiliser cette même technique informatique pour trouver d’autres agents pathogènes humains potentiels, et, plus largement, pour comprendre les facteurs plus larges du potentiel zoonotique d’un virus. Ce dernier terme désignant la transmission d’une maladie de l’animal vers l’espèce humaine. On parle alors de maladie zoonotique ou de zoonose, telle que la grippe aviaire et porcine, le Sars-CoV-2, la rage, le paludisme ou encore la maladie de Lyme.